Для того чтобы увеличить количество этих антигенов, снизить их стоимость, а также не использовать в процессе производства эпидемически опасные вирулентные штаммы, применяют их различные рекомбинант-ные варианты. Эти полученные генноинженерными методами микроорганизмы несут в себе гены, кодирующие структуры протективных антигенов, которые потом и выделяют. Для их изоляции и дальнейшей очистки используют те же методы, что и при выделении природных антигенов.
Следует отметить, что процесс этот не так прост, как представляется в теории. Часто получаемые продукты не вполне соответствуют нативным. Например, вирусные антигены, образующиеся в клетках эукариот, обычно подвергаются дополнительному гликозилированию, а в клетках бактерий этого нет. И у грибов этот процесс происходит не вполне совершенно.
В качестве молекулярных вакцин могут рассматриваться и анатоксины, представляющие собой инактивированные растворимые токсины бактерий.
Протективные антигены или их фрагменты, используемые для конструирования молекулярных вакцин, могут быть синтезированы искусственно. Особенно, если у них сравнительно невысокий молекулярный вес. Обычно это небольшие пептиды, отражающие структуру каких-то эпитопов протективных антигенов. В дальнейшем эти пептиды конъюгируют на крупномолекулярных носителях, создавая, таким образом, синтетическую молекулу.
Динамика иммунного ответа на молекулярные вакцины во многом сходна с динамикой ответа на убитые корпускулярные вакцины, и характеризуется быстрым развитием (пик ответа на 12—17-й день) и таким же быстрым угасанием. Динамика ответа на конкретные вакцины может варьировать в зависимости от конструкции вакцины.
